Référentiels

Référentiel taxonomique de DIGITALE

Ce référentiel taxonomique de Digitale2 est basé depuis janvier 2019 sur le référentiel taxonomique national TAXREF 9.0 (GARGOMINY & al., 2015), ponctuellement modifié par des positions taxonomiques prises dans Flora gallica et retenues préférentiellement par le CBNBL. Il liste l’ensemble des plantes vasculaires, bryophytes et Algues gérés par DIGITALE. Il donne aussi aux utilisateurs un accès au synonymie, au taxon parent mais aussi la correspondance avec le nom cité dans la version précédente du référentiel de DIGITALE.

 

Description synthétique des mises à jour taxonomiques par rapport à la version 3.0

Mise en correspondance vers TAXREF v 12.0 en remplacement de TAXREF v 10.0.

Ajout de 10 nouveaux taxons et diverses corrections de libellé de taxon (Voir métadonnées du référentiel).

Description synthétique des mises à jour taxonomiques par rapport aux versions 2.0 à 2.7

La version 3.0 a nécessité un travail important de consolidation et de mise en cohérences de toutes les données associées à ce référentiel dans DIGITALE :

- statuts, législations, écologie, habitats, illustrations

- mais aussi la validation taxonomique de l’ensemble des 4,4 millions d’observations.

Une mise à jour globale de la systématique et de la nomenclature en suivant à de rares exceptions près le référentiel TAXREF v. 9.0 (GARGOMINY & al., 2015). Les versions plus récentes de TAXREF n’ont pu être utilisées. Dans le cas de la version 10.0, les changements ne concernent pas la flore vasculaire de métropoles. La version 11.0, qui contient des modifications liées à la classification systématique, a été diffusée postérieurement à l’analyse que nous avons effectuée entre le précédent référentiel du CBNBL et la version TAXREF 9.0.

Plantes vasculaires

Le champ systématique prend en considération l’ensemble des plantes vasculaires (Ptéridophytes et Spermatophytes) indigènes, naturalisées, subspontanées et accidentelles de la Région Hauts-de-France. Environ 150 plantes cultivées à des fins non strictement ornementales figurent également dans la liste.

Tous les rangs taxonomiques infraspécifiques [sous-espèce (subsp.), variété (var.), forme (f.) et cultivar (‘ ‘)], sont pris en compte.

Dans le cas des genres Rubus et Taraxacum, seules les espèces effectivement signalées dans le Hauts-de-France ou dans les régions voisines sont mentionnées. De nombreuses autres restent néanmoins à rechercher.

Les nouveautés du présent référentiel du point de vue taxonomique concernent donc principalement :

- L’intégration de la classification systématique moderne, basée essentiellement sur des analyses moléculaires (voir le site internet de l’ « Angiosperm Phylogeny Group » - APG),

- La mise à jour de nombreux taxons (abandon de taxons infraspécifiques ou au contraire élévation au rang d’espèce, changement de dénomination de taxons…).

La cohérence entre TAXREF 9.0 et la nouvelle flore de France, Flora gallica (TISON & de FOUCAULT [coords.], 2014) n’a pas été analysée mais les différences entre les deux approches semble infime.

Bryophytes

Par suite du faible nombre d’études moléculaires récentes concernant les Bryophytes, comparativement aux plantes vasculaires, la classification et la nomenclature des Bryophytes n’ont pas encore abouti. En particulier, les contours d’un certain nombre de genres et de familles sont susceptibles d’évoluer. Cependant, des progrès significatifs ont été réalisés ces dernières années, ceux-ci ayant apporté de nouvelles conceptions taxonomiques qui ont été intégrées au référentiel TAXREF v. 9.0 (GARGOMINY & al., 2015). Ainsi, nous avons retenu TAXREF v. 9.0 (GARGOMINY & al., 2015) comme base nomenclaturale. Par ailleurs, à l’instar de VANDERPOORTEN (2007), nous considérons que, pour certains taxons dont la distinction est basée sur des critères très variables et qui présentent de nombreux intermédiaires, l’intégration dans la liste régionale pourrait être source de confusion voire d’erreurs à l’avenir. C’est notamment le cas de Plagiothecium succulentum (placé en synonymie de P. nemorale par certains auteurs). Cependant, afin d’être cohérent avec les listes de référence choisies et du fait de notre manque de recul par rapport à la validité ou non de ces taxons, nous en mentionnons quand même la présence.

Algues (au sens large, incl. Cyanobactéries)

Pour les cyanobactéries (« algues bleues »), les Ochrophytes (« algues jaunes et brunes), les Rhodophytes (« algues rouges »), les Chlorophytes (« algues vertes ») et les Charophytes (ordres des Zygnématales et des Charales) s’appuie principalement sur le référentiel TAXREF v. 9.0 (GARGOMINY & al., 2015), complété par quelques références extraites de la base de données nomenclaturales en ligne « AlgaeBase » (http://www.algaebase.org) et, pour quelques Characées, de l’ouvrage de MOURONVAL et al. 2015.